تعیین ترادف نوکلئوتیدی و بررسی علائم دو جدایه جدید ویروس موزائیک هندوانه از استان‌های خراسان رضوی و شمالی

نوع مقاله : مقالات پژوهشی

نویسندگان

چکیده

چکیده
طی سال‌های 1388-1389، تعداد 323 نمونه با علایمی از قبیل موزائیک، بدشکلی، تاولی برگ ، رگبرگ نواری و زردی از مزارع مختلف کدوئیان و گلخانه های خیار استان‌های خراسان رضوی و شمالی جمع آوری شد. با استفاده از آزمون DAS-ELISA آلودگی 95 نمونه به ویروس موزاییک هندوانه ( (WMVتایید شد. واکنش RT-PCR با استفاده از یک جفت آغازگر اختصاصی از ناحیه ژن پروتئین پوشششی منجر به تکثیر قطعه ای در حدود 822 جفت باز در نمونه های الایزا مثبت شد. محصول PCR مربوط به دو جدایه از کدو (شیروان) و خربزه (طرقبه-شاندیز) تعیین توالی شدند. ترادف‌های بدست آمده پس از هم‌ردیف سازی چندگانه با برنامه ClustalW2 با برخی از توالی های موجود در بانک ژن مقایسه گردیدند. جهت تعیین جایگاه تکاملی و رسم دندروگرام تبارزائی این جدایه ها از روش Neighbor-joining نرم افزار Mega 4.0استفاده گردید. آنالیز فیلوژنتیکی جدایه های تعیین ترادف شده نشان داد که این دو جدایه با سایر جدایه های ویروس موزائیک هندوانه بین 92 و 99 درصد در سطح نوکلئوتیدی و بین 96 و100 درصد در سطح اسید آمینه ای مشابهت دارند. تشابه توالی نوکلئوتیدی و اسیدهای آمینه این دو جدایه با یکدیگر به ترتیب 1/99 و 6/99 درصد تعیین گردید. علائم دو جدایه روی برخی از گیاهان محک از جمله Cucumis sativus، C. melo var. reticulatus، Cucurbita pepo وCitrullus lanatus کمی متفاوت بود. طبق نتایج این بررسی جدایه های تعیین ترادف شده دارای شباهت بالایی با سایر جدایه های گزارش شده WMV در نقاط مختلف ایران می باشند.

واژه‌های کلیدی: ویروس موزائیک هندوانه، DAS-ELISA، RT-PCR، توالی یابی، آنالیز فیلوژنتیک

عنوان مقاله [English]

Nucleotide Sequencing and Symptomology of Two New Isolates of Watermelon mosaic virus from Razavi and Northern Khorasan Provinces

نویسندگان [English]

  • Z. Moradi
  • B. Jafarpour
  • M. A. Sabokkhiz
چکیده [English]

Abstract
During 2008-2009, 323 samples showing mosaic, yellowing, vein banding, leaf malformation and blistering were collected from different Cucurbitaceous plant fields and cucumber greenhouses in Razavi and Northern Khorasan provinces. Through doing DAS-ELISA, 95 samples showed infection with WMV. WMV in samples testing positive by ELISA was confirmed by RT-PCR. RT-PCR assay with specific primers corresponding to the virus coat protein gene led to the amplification of the expected DNA fragment with a length of approximately 822 bp. PCR product from two isolates from Zucchini squash (Shirvan) and melon (Torghabe-Shandiz) were sequenced. The sequenced fragments after multiple alignments using ClustalW2 program compared with other GeneBank isolates. Phylogenetic tree was drawn using Neighbor-joining method of MEGA4.1 program. Phylogenetic analysis showed that Iranian isolates of WMV with 92-99 % nucleotide sequence identity and 96-100% amino acid identity with other isolates of WMV. The nucleotide and amino acid sequence homologies of 2 isolates were found to be 99.1% and 99.6%, respectively. The two new isolates were not similar in symptoms on some indicator plants including Cucumis sativus, C. melo var. reticulates, Cucurbita pepo and Citrullus lanatus. These results showed that the two new isolates have high homology with isolates of WMV that previously reported from Iran.

Keywords: Watermelon mosaic virus, DAS-ELISA, RT-PCR, Sequencing, Phylogenetic analysis