شناسایی مولکولی ویروس موزائیک شلغم (Turnip mosaic virus; TuMV) در خردل کاذب (Herschfeldia incana) از ایران

نوع مقاله : مقالات پژوهشی

نویسندگان

1 دانشگاه فردوسی مشهد

2 پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی کرج

چکیده

ویروس موزائیک شلغم (Turnip mosaic virus; TuMV) یکی از اعضاء مهم جنس Potyvirus در خانواده Potyviridae و یکی از مهم‌ترین ویروس‌های آلوده‌کننده گیاهان خانواده چلیپائیان (Brassicaceae) می‌باشد. در فروردین 1391 علایم یک بیماری مشکوک ویروسی مانند موزائیک، کوتولگی و بدشکلی بوته در علف هرز خردل کاذب مشاهده گردید و وجود ویروس موزائیک شلغم با آزمون RT-PCR و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ژن پروتئین پوششی (coat protein; CP) این ویروس مورد بررسی قرار گرفت. قطعه تکثیر شده (986 جفت باز) ابتدا خالص‌سازی و سپس تعیین ترادف گردید. آنالیز توالی نوکلئوتیدی وآمینواسیدی پروتئین پوششی، به ترتیب شباهت بین 42/85 تا 58/89 و 64/91 تا 12/95 را با 31 جدایه دیگر این ویروس در دنیا نشان داد. درخت فیلوژنتیکی با نرم‌افزار MEGA6 و روش Neighbour joining ترسیم شد. نتایج این بررسی فیلوژنتیکی نشان داد که این جدایه ویروس موزائیک شلغم با سه جدایه دیگر از ایران در گروه Basal-B قرار دارند.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Molecular Identification of Turnip Mosaic virus (TuMV) in Hoary Mustard (Herschfeldia incana) From Iran

نویسندگان [English]

  • M. A. Sabokkhiz 1
  • B. Jafarpour 1
  • F. Shahriari Ahmadi 1
  • S. Tarighi 1
  • M.R. Safarnejad 2
1 Ferdowsi University of Mashhad
2 Iranian Research Institute of Plant Protection
چکیده [English]

Turnip mosaic virus (TuMV) is amember of the Potyvirus genus within the Potyviridae family and is one the most important viruses infecting Brassicaceae plants. In April 2012, suspicious symptoms of a viral disease such as mosaic, stunting and malformation were observed on Herschfeldia incana. The collected samples were tested using reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) with specific primers corresponding to TuMV coat protein gene. Amplified fragment (986bp) was first purified and then directly sequenced. Analysis of its CP nucleotide and amino acid sequence revealed 85.42-89.58 % and 91.64-95.12% similarity to those of 31 TuMV isolates from other countries respectively. Phylogenetic tree was constructed by MEGA6 software using neighbor joining method. The results showed that the TuMV isolate and 3 Iranian isolates have been clustered into the basal-B group.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Hirschfeldia incana (L.) Lagr.-Foss
  • molecular identification
  • Phylogenetic analysis
  • Turnip mosaic virus (TuMV)

مراجع

1- اﻳﺰدﭘﻨﺎه ک. 1361. ﻟﻴﺴﺖ ﻣﺸﺮوح ﺑﻴﻤﺎری‌های وﻳﺮوﺳﻲ و ﺷﺒﻪ وﻳﺮوﺳﻲ ﮔﻴﺎﻫﺎن در اﺳﺘﺎن ﻓﺎرس. داﻧﺸﮕﺎه ﺷﻴﺮاز. 188 ﺻﻔﺤﻪ.
2- ﺑﻬﺎر م.، داﻧﺶ د. و دﻫﻘﺎن م. 1364. وﻳﺮوس ﻣﻮزاﻳﻴﻚ ﺷﻠﻐﻢ درﮔﻴﺎه ﺷﺐ ﺑﻮ. ﻧﺸﺮﻳﻪ ﺑﻴﻤﺎری های ﮔﻴﺎﻫﻲ. 21. ﺻﻔﺤﺎت 39-33.
3- جعفرپور ب. و جعفرپور ب. 1382. ویروس‌شناسی گیاهی کاربردی. انتشارات دانشگاه فردوسی مشهد، 460 صفحه.
4- زاهدی طبرستانی‌ آ.، شمس بخش م. و صفایی ن. 1389. مقایسه شیوع ویروس‌های مهم کلزا در استان گلستان در سال‌های زراعی 1387 ـ 1388. خلاصه مقالات نوزدهمین کنگره گیاهپزشکی ایران، صفحه 692.
5- شهرآئین، ن.، قطبی ت.، کامران ر.، صلاتی م.، رعیت‌پناه س. و آزادبخت ن. 1385. وضعیت بیماری‌های ویروسی گیاهان روغنی کلزا در ایران. خلاصه مقالات هفدهمین کنگره گیاهپزشکی ایران. صفحه 245
6- قربانی ش.، شهرآئین ن.، دهقانیار ح.، سهندی ا. و پوررحیم ر. 1386. تشخیص سرولوژیکی و خالص‌سازی ویروس موزائیک شلغم (TuMV) از گیاه کلزا. مجله زیست‌شناسی ایران، جلد 20، صفحات 71-61.
7- Chen C.C., Chang C.A., and Yeh S.D. 2006. Molecular characterization and phylogenetic analysis of Turnip mosaic virus collected from calla lily. Plant Patholology. Bull, 15: 1-8.
8- Farzadfar S., Ohshima K., Pourrahim R., Golnaraghi A.R., Jalali S., and Ahoonmanesh A. 2004. Occurrence of Turnip mosaic virus on ornamental crops in Iran. Plant Pathology., 54: 261.
9- Farzadfar S., Ohshima K., Pourrahim R., Golnaraghi A., Sajedi S. and Ahoonmanesh A. 2005. Reservoir weed hosts for Turnip mosaic virus in Iran. Plant Disease, 89: 339.
10- Farzadfar S., Tomitaka Y., Ikematsu M., Golnaraghi A.R., Pourrahim R., and Ohshima K. 2009. Molecular characterisation of Turnip mosaic virus isolates from Brassicaceae weeds. European Journal of Plant Pathology., 124: 45-55.
11- Haj Kassem A., and Walsh J. 2008. Characterising resistance to Turnip mosaic virus (TuMV) in turnip (Brassica rapa rapa). Arabian Journal of Plant Protection, 26: 168-172.
12- Kozubek E., Irzykowski W., and Lehmann P. 2007. Genetic and molecular variability of a Turnip mosaic virus population from horseradish (Cochlearia armoracia L.). Journal of Applied Genetics. 48: 295-306.
13- Nguyen H. D., Tomitaka Y., Ho S. Y., Duchene S., Vetten H. J., Lesemann D., Walsh J. A., Gibbs A. J. and Ohshima K. 2013. Turnip mosaic potyvirus probably first spread to Eurasian brassica crops from wild orchids about 1000 years ago. PLoS One, 8 (2): E55336.
14- Nguyen H.D., Tran H.T., and Ohshima K. 2013. Genetic variation of the Turnip mosaic virus population of Vietnam: a case study of founder, regional and local influences. Virus Research, 171: 138-149.
15- Nicolas O., and Laliberte J.F. 1992. The complete nucleotide sequence of Turnip mosaic potyvirus RNA. Journal of General Virology, 73: 2785-2793.
16- Ohshima K., Akaishi S., Kajiyama H., Koga R., and Gibbs A. J. 2010. Evolutionary trajectory of Turnip mosaic virus populations adapting to a new host. Journal of General Virology, 91: 788-801.
17- Ohshima K., Tanaka M., and Sako N. 1996: The complete nucleotide sequence of Turnip mosaic virus RNA Japanese strain. Archives of Virology., 141: 1991-01997.
18- Ohshima K., Tomitaka Y., Wood J.T., Minematsu Y., Kajiyama H., Tomimura K., and Gibbs A. J. 2007. Patterns of recombination in Turnip mosaic virus genomic sequences indicate hotspots of recombination. Journal of General Virology, 88: 298-315.
19- Ohshima K., Yamaguchi Y., Hirota R., Hamamoto T., Tomimura K., and Tan Z. 2002. Molecular evolution of Turnip mosaic virus; evidence of host adaptation, genetic recombination and geographical spread. Journal of General Virology, 83: 1511-1521.
20- Sabokkhiz M. A., Jafarpour B, Shahriari Ahmadi F. and Tarighi S. 2012. Identification of Turnip mosaic virus isolated from canola in northeast area of Iran. African Journal of Biotechnology, 11: 14553-14560
21- Sanchez F., Wang X., Jenner C.E., Walsh J.A., and Ponz F. 2003. Strains of Turnip mosaic potyvirus as defined by the molecular analysis of the coat protein gene of the virus. Virus Research, 94: 33-43.
22- Shahraeen N., Farzadfar Sh., and Lesemann D.E. 2003. Incidence of viruses infecting winter oilseed rape (Brassica napus ssp. oleifera) in Iran. Journal of Phytopathology, 151: 614-616
23- Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., and Kumar S. 2013. MEGA6: Molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution, 30: 2725-2729.
24- Tomimura K., Gibbs A.J., Jenner C.E., Walsh J.A., and Ohshima K. 2003. The phylogeny of Turnip mosaic virus; comparisons of thirty-eight genomic sequences reveal a Eurasian origin and a recent ‘emergence’ in East Asia. Molecular Ecology, 12: 2099-2111
25- Tomimura K., Spak J., Katis N., Jenner C.E., Walsh J.A., and Gibbs A.J. 2004. Comparisons of the genetic structure of populations of Turnip mosaic virus in West and East Eurasia. Virology, 330: 408-423.
26- Tomitaka Y. and Ohshima K. 2006. A phylogeographical study of the Turnip mosaic virus population in East Asia reveals an ‘emergent’ lineage in Japan. Molecular Ecology, 15: 4437-4457
27- Wang H.Y., Liu J.L., Gao R., Chen J., Shao Y.H., and Li X.D. 2009. Complete genomic sequence analyses of Turnip mosaic virus basal-BR isolates from China. Virus Genes, 38: 421–428.
28- Wang R.Y., and Pirone T.P. 1999. Purification and characterization of Turnip mosaic virus helper component protein. Phytopathology, 89:564-567.
ارسال نظر در مورد این مقاله
CAPTCHA Image

فایل ها

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار