جداسازی گونه Meloidogyne cruciani از گلخانه‌های خیار منطقه جیرفت و بررسی تنوع ژنتیکی درون گونه‌ای آن با استفاده از نشانگر RAPD-PCR

نوع مقاله : مقالات پژوهشی

نویسندگان

• حمیدرضا رفیعی
• عصمت مهدیخانی مقدم ¹
• موسی نجفی نیا ²

¹ فردوسی

² بخش تحقیقات گیاهپزشکی مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی جنوب استان کرمان-جیرفت

10.22067/jpp.v1389i24.3848

چکیده

چکیده
به منظور شناسایی نماتدهای ریشه گرهی خیار در گلخانه‌های منطقه جیرفت، طی سال‌های 1386 و 1387، تعداد 35 نمونه خاک و ریشه آلوده به نماتدهای ریشه گرهی از 10 گلخانه خیار مربوط به سه منطقه عمده خیار کاری منطقه جمع آوری و از نمونه خاک برای استخراج نرها و از ریشه‌های آلوده جهت استخراج ماده‌های بالغ، لارو سن دوم و تکثیر نماتد در گلخانه استفاده شد. با توجه به مشخصات ریخت شناسی و ریخت سنجی لاروهای سن دوم، نرها و شبکه کوتیکولی انتهای بدن ماده ها، دو گونه Meloidogyne javanica و Meloidogyne cruciani شناسایی گردید. به منظور مطالعات مولکولی و بررسی تنوع ژنتیکی درون گونه‌ای M. cruciani، گونه مذکور در گلخانه تکثیر شد. پس از خالص سازی و تکثیر نماتد بر روی رقم حساس گوجه فرنگی ( Rutgers ) در گلخانه، تخم‌ها و لاروهای سن دوم هر ریشه جدا و به عنوان یک جمعیت در نظر گرفته شد. سپس استخراج DNA هرجمعیت به روش سیلوا و همکاران انجام و پس از تعیین کمیت و کیفیت DNA، جهت بررسی تنوع در کل ژنوم، تکنیک RAPD-PCR با ده آغازگر ده نوکلئوتیدی و با استفاده از کیت‌های Bioneer's AccupowerTMPCR PreMixes انجام گرفت. پس از انجام واکنش، فرآورده‌های PCR بروی ژل آگارز 5/1 درصد الکتروفورز و چندشکلی‌های بوجود آمده از DNA هر جمعیت در این تکنیک، بر اساس وجود یا عدم وجود باند به صورت داده‌های صفر و یک در اکسل وارد و سپس ماتریس تشابه برمبنای ضریب شباهت Dice محاسبه شد و جهت بررسی تنوع بین جمعیت ها، ماتریس تشابه به ماتریس فاصله ژنتیکی تبدیل و تجزیه خوشه‌ای به روش UPGMA در نرم افزار NTSYS انجام و دندروگرام مربوطه رسم گردید. در سطح تشابه 72 درصد جمعیت‌ها در دو گروه قرار گرفتند و با توجه به نتایج کلی، نشانگر RAPD توانست 91-71 درصد تشابه و 29-8 درصد تفاوت بین جمعیت‌های گونه مورد مطالعه نشان دهد.

واژه‌های کلیدی: Meloidogyne cruciani ، RAPD-PCR، تنوع ژنتیکی، خیار، جیرفت

20.1001.1.20084749.1389.24.1.7.5

---

عنوان مقاله [English]

جداسازی گونه Meloidogyne cruciani از گلخانه‌های خیار منطقه جیرفت و بررسی تنوع ژنتیکی درون گونه‌ای آن با استفاده از نشانگر RAPD-PCR

نویسندگان [English]

• Hamidreza Rafiee
• esmat mahdikhani moghadam ¹
• M. Najafiniya ²

¹

²

چکیده [English]

چکیده
به منظور شناسایی نماتدهای ریشه گرهی خیار در گلخانه‌های منطقه جیرفت، طی سال‌های 1386 و 1387، تعداد 35 نمونه خاک و ریشه آلوده به نماتدهای ریشه گرهی از 10 گلخانه خیار مربوط به سه منطقه عمده خیار کاری منطقه جمع آوری و از نمونه خاک برای استخراج نرها و از ریشه‌های آلوده جهت استخراج ماده‌های بالغ، لارو سن دوم و تکثیر نماتد در گلخانه استفاده شد. با توجه به مشخصات ریخت شناسی و ریخت سنجی لاروهای سن دوم، نرها و شبکه کوتیکولی انتهای بدن ماده ها، دو گونه Meloidogyne javanica و Meloidogyne cruciani شناسایی گردید. به منظور مطالعات مولکولی و بررسی تنوع ژنتیکی درون گونه‌ای M. cruciani، گونه مذکور در گلخانه تکثیر شد. پس از خالص سازی و تکثیر نماتد بر روی رقم حساس گوجه فرنگی ( Rutgers ) در گلخانه، تخم‌ها و لاروهای سن دوم هر ریشه جدا و به عنوان یک جمعیت در نظر گرفته شد. سپس استخراج DNA هرجمعیت به روش سیلوا و همکاران انجام و پس از تعیین کمیت و کیفیت DNA، جهت بررسی تنوع در کل ژنوم، تکنیک RAPD-PCR با ده آغازگر ده نوکلئوتیدی و با استفاده از کیت‌های Bioneer's AccupowerTMPCR PreMixes انجام گرفت. پس از انجام واکنش، فرآورده‌های PCR بروی ژل آگارز 5/1 درصد الکتروفورز و چندشکلی‌های بوجود آمده از DNA هر جمعیت در این تکنیک، بر اساس وجود یا عدم وجود باند به صورت داده‌های صفر و یک در اکسل وارد و سپس ماتریس تشابه برمبنای ضریب شباهت Dice محاسبه شد و جهت بررسی تنوع بین جمعیت ها، ماتریس تشابه به ماتریس فاصله ژنتیکی تبدیل و تجزیه خوشه‌ای به روش UPGMA در نرم افزار NTSYS انجام و دندروگرام مربوطه رسم گردید. در سطح تشابه 72 درصد جمعیت‌ها در دو گروه قرار گرفتند و با توجه به نتایج کلی، نشانگر RAPD توانست 91-71 درصد تشابه و 29-8 درصد تفاوت بین جمعیت‌های گونه مورد مطالعه نشان دهد.

واژه‌های کلیدی: Meloidogyne cruciani ، RAPD-PCR، تنوع ژنتیکی، خیار، جیرفت