بررسی ویروس ابلقی میخک (CarMV) و آنالیز ژنومی یک جدایه ایرانی این ویروس (FUM2)

نوع مقاله : مقالات پژوهشی

نویسندگان

• بهروز جعفرپور ¹
• محمد علی سبک خیز خیاط ²
• ماهرخ فلاحتی رستگار ¹
• سمیرا پاکباز ³

¹ دانشکده کشاورزی ،دانشگاه فردوسی مشهد

² دانشگاه فردوسی مشهد

³ دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد

10.22067/jpp.v25i2.10102

چکیده

چکیده
طی فصلهای زمستان و بهار سالهای 1386 و 1387، از گلخانه‌های اطراف مشهد و چناران تعداد 450 نمونه از گیاهان میخک که برگهای آنها دارای علایم رنگ‌پریدگی، ابلقی و بدشکلی بود، جمع‌آوری شد. با استفاده از آزمون ساندویچ دو طرفه الایزا نمونه‌های آلوده مشخص گردید.RNA ی کل گیاه با استفاده از محلول RNXTM (-Plus) از نمونه‌های جمع آوری شده استخراج گردید. کیت AccuPowerR RT Pre Mix Kit به همراه پرایمر اختصاصی برگشت هر دو قطعه مورد هدف جهت ساخت رشته cDNAی ویروسی به‌کار رفت. واکنش PCR نیز با استفاده از کیت AccupowerR PCR PreMix انجام شد. واکنش RT-PCR دو قطعه از ژنوم ویروس را به اندازه‌های تقریبی bp 1037 و bp 676 تکثیر کرد که جهت تعیین توالی محصولات PCR؛ مورد استفاده قرارگرفتند. توالی نوکلئوتیدی 3 ژن از قطعه bp 676 جدایه FUM2 با توالی نوکلئوتیدی 23 جدایه از سایر نقاط دنیا با کمک نرم‌افزارBioEdit و در ClustalW2 مقایسه و درخت فیلوژنتیکی رسم شد. تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی جدایه ایرانی FUM2 در مقایسه با جدایه‌های موجود در بانک ژن نشان داد که جدایه مذکور در گروه I و در زیر گروه IA قرار می‌گیرد.

واژه های کلیدی: ویروس ابلقی میخک (CarMV)، FUM2، RT-PCR، درخت فیلوژنتیکی، تعیین توالی، ایران

20.1001.1.20084749.1390.25.2.6.3

---

عنوان مقاله [English]

Genome Analyses of Carnation Mottle Virus Iranian Isolate (FUM2)

نویسندگان [English]

• B. Jafarpour ¹
• Mohammad Ali Sabokkhiz ²
• M. Falahati Rastegar ¹
• S. Pakbaz ³

¹

²

³

چکیده [English]

Abstract
During the winter and spring of 2007 and 2008, 450 samples (leaves of carnation plants) showing symptoms of yellowing, mottling, leaf malformation, and stunting were collected from greenhouses in Mashhad and Chenaran regions. The samples were tested by DAS-ELISA for the presence of CarMV. Total RNA was extracted by RNXTM (-Plus) solution from positive infected samples confirmed in DAS-ELISA tests. AccuPowerR RT Pre Mix Kit was used for synthesis of cDNA with reverse specific primer according to two segments of genome. PCR amplification of cDNA was carried out using AccupowerR PCR PreMix. RT-PCR assay amplified two DNA fragments approximately 1037bp and 676 bp using. PCR products directly sequenced. The nucleotide sequence identity was also compared with different isolates of the world. The determined sequences of FUM2 isolate of CarMV were compared which previously reported 23 CarMV isolates, using Bioedit software and ClastalW2. A Neighbor-joining method of MEGA 3.1 was applied to construct unrooted trees for 3 genes (p7, p9 and partial p38). Analysis of the phylogenetic tree showed that our isolate is in group I and subgroup A.

Keywords: Carnation mottle virus (CarMV), FUM2, RT-PCR, Phylogenetical position, Iran