شناسایی و تعیین ترادف ژن پروتئین پوششی ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی در استانهای خراسان رضوی، شمالی و جنوبی

نوع مقاله : مقالات پژوهشی

نویسندگان

چکیده

ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی (Tomato yellow leaf curl virus) یکی از مخرب ترین ویروس های گوجه فرنگی در نواحی گرمسیر و نیمه گرمسیر جهان محسوب می شود. به منظور شناسایی و ردیابی ویروس مذکور، در طی بازدید از مزارع، گلخانه ها و تونل های کاشت گوجه فرنگی استانهای خراسان رضوی، شمالی و جنوبی طی سال های 1388 تا 1390، نمونه‌‌های مشکوک به آلودگی جمع‌آوری و به آزمایشگاه منتقل گردید. استخراج دی. ان. ای از برگهای تازه نمونه های مشکوک به آلودگی، با استفاده از بافرCTAB انجام شد. در آزمون PCR پس از بکار‌بردن جفت آغازگرهای دژنره اختصاصیDNA-A در جمینی ویروس های منتقل شونده با سفید بالک، قطعه ای به اندازه تقریبی 550 جفت‌ باز تکثیر شد که نشان دهنده آلودگی به ویروس TYLCV در مناطق بررسی شده دارد. ژن کامل پروتئین پوششی ویروس با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی طراحی شده به اندازه تقریبی 776 جفت‌ باز تکثیر و همسانه سازی شد و دندروگرام با استفاده از ترادف ژن پوشش پروتئینی با نرم افزار MEGA5 و به روش Neighbor joining ترسیم گردید. نتایج حاصل از آنالیزهای فیلوژنی نشان داد که جدایه های خراسان رضوی و شمالی در کنار جدایه های اسرائیل (AB110218) و شیراز (GU076444) در یک گروه و جدایه خراسان جنوبی در گروه جداگانه ای قرار گرفته و رابطه نزدیکی را با جدایه های جیرفت (GU076452) و عمان (DQ644565) نشان داد. این نتایج نشان میدهد که از زمان اولین گزارش از وجود TYLCV در استانهای جنوبی کشور تاکنون، دامنه پراکنش این ویروس به سمت عرضهای جغرافیایی بالاتر کشیده شده به نحوی که وجود میزان بالای آلودگی از شهرستان نیشابور و درگز در این تحقیق گزارش می‌شود.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Identification and Sequencing of Coat Protein Gene of TYLCV Isolates from Khorasan Razavi Southern and Northern Khorasan Provinces

نویسندگان [English]

  • S. Gharouni Kardani
  • B. Jafarpour
  • M. Mehrvar
  • S. Tarighi
چکیده [English]

Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) is considered as one of the most important tomato viruses in tropical and subtropical areas. In order to identify and investigate the presence of this virus in fields , greenhouses and cultivated tomato plants in tuneles of Khorasan Razavi, Southern and Northern Khorasan provinces, during 2009 and 2011, plants which have been showed the symptoms were collected. Total DNA was extracted from fresh young leaf tissue by CTAB buffer. Polymerase Chain Reaction (PCR) was carried out using degenerate primers shown to be specific for DNA-A of whitefly transmitting geminiviruse and fragments of ~550 bp were amplified by PCR. Furthermore, with a pair of TYLCV specific primer, a viral DNA fragment of 776 bp corresponding to a complete coat protein gene was amplified and cloned. The phylogenetic tree of coat protein (CP) gene of TYLCV were drown, by MEGA5 software using Neighbor joining method. The results showed that the Khorasan Razavi and Northern Khorasan provinces placed in one group with Shiraz (GU076444) and Israel (AB110218) isolates. And isolate from Southern Khorasan was located in different group and closed to Iranian isolate of TYLCV-Jiroft (GU076452) and one isolate from Omman (DQ644565). This study showed that since the first report of TYLCV in the southern provinces of the country, the virus spreading towards the higher latitudes, so that the high rate of infection in the city of Neyshapur and Dargaz is explored in this study.

کلیدواژه‌ها [English]

  • TYLCV
  • Polymerase chain reaction
  • Phylogenic analysis
  • Cloning
CAPTCHA Image